Kaip ir bet kurią įrangą, taip ir rekuperacinę sistemą, nepakanka vien tik sumontuoti. Tam, kad ji veiktų efektyviai, šiai sistemai būtinas profesionalus montavimas, periodinis aptarnavimas ir priežiūra.

Paprastai rekuperacinės sistemos techninį aptarnavimą ir priežiūrą atlieka specialistai, todėl jaudintis dėl to nereikėtų. Tačiau yra tokie smulkūs priežiūros darbai, kaip vienkartinių filtrų pakeitimas, gali būti atliekami ir paties namo šeimininko. Filtrai turėtų būti keičiami ne rečiau kaip kartą per pusę metų, tačiau tai priklauso ir nuo pačios vietovės. Jeigu namas stovi šalia intensyvios gatvės arba kaimynai savo namus šildo kietuoju kuru, gali tekti keisti ir dažniau. Reikėtų įvertinti, kaip dažnai filtrai užsiteršia ir juos pakeisti nedelsiant.

Reikėtų atsiminti, kad mechaninės vėdinimo sistemos užsiteršia intensyviau ir greičiau nei natūralios. Todėl ir valyti jas tenka dažniau, kadangi sistemoje esantys nešvarumai gali patekti atgal į patalpas ir kelti pavojų gyventojų sveikatai. Susikaupę nešvarumai taip pat įtakoja ne tik didesnes elektros sąnaudas, bet ir mažesnį įrenginio efektyvumą.

Taigi, kitas svarbus rekuperacinės sistemos priežiūros objektas – tai ortakiai, kuriuos būtina valyti. Dėl to, kas kiek laiko reikėtų atlikti ortakių valymą, nėra bendro sutarimo. Tai dažniausiai yra taip pat individualus dalykas, kuris geriausiai gali būti įvertintas profesionalų. Ortakių valymo principas nėra paprastas ir jam reikalinga speciali įranga, todėl jų išvalyti patiems nelabai pavyks.

Patys periodiškai visuomet galite atlikti angų grotelių valymą, jas nusiurbliuoti galite įprastu siurbliu, jeigu reikalinga, nešvarumus galima nuplauti vandeniu. Daugkartinį filtrą taip pat galite išvalyti dulkių siurblio pagalba. Pats įrenginys taip pat reikalauja priežiūros. Tačiau to daryti patiems nerekomenduojama. O atliekant net ir smulkius valymo darbus, būtina prieš tai įrenginį išjungti.